Иконостас Троицкого собора воплощает в себе многовековую историю строительства Ипатьевского монастыря и судьбы его ктиторов. Первый каменный собор Ипатьевского монастыря был выстроен в 1595—1596 годах на средства бояр Годуновых. Иконостас годуновского времени, представление о котором дает монастырская опись 1612 года, был своего рода хранилищем их иконных вкладов. Под чиновыми иконами располагалось три полицы с пядничными иконами «годуновского деянья». Всего иконостас состоял из четырех ярусов: местного ряда, деисусного, в котором находилось тринадцать икон «18 пядей высотою», праздничного (шестнадцать икон) и пророческого (тринадцать икон) ярусов. В 1591 году Дмитрий Иванович Годунов «обложил серебром», то есть басмой, «деисус, праздники и пророки». Упомянуты и царские врата: «...двери царские кованые и сень и столбы резаны о троих столбцах и навожены золотом».